Reference

• Full Python API Reference
  • meld.test_install
    • meld.test_install.test_install
  • meld.system
    • meld.system.amber
      • meld.system.amber.CrdReader
      • meld.system.amber.ParmTopReader
    • meld.system.builders
      • meld.system.builders.amber
        • meld.system.builders.amber.amap
          • meld.system.builders.amber.amap.add_amap
          • meld.system.builders.amber.amap.CMAPResidue
        • meld.system.builders.amber.builder
          • meld.system.builders.amber.builder.AmberOptions
          • meld.system.builders.amber.builder.AmberSystemBuilder
        • meld.system.builders.amber.subsystem
          • meld.system.builders.amber.subsystem.AmberSubSystemFromPdbFile
          • meld.system.builders.amber.subsystem.AmberSubSystemFromSequence
      • meld.system.builders.build_elastic_network_restraints
        • meld.system.builders.build_elastic_network_restraints.add_elastic_network_restraints
        • meld.system.builders.build_elastic_network_restraints.create_elastic_network_restraints
      • meld.system.builders.spec
        • meld.system.builders.spec.SystemSpec
    • meld.system.indexing
      • meld.system.indexing.setup_indexing
      • meld.system.indexing.AtomIndex
      • meld.system.indexing.Indexer
      • meld.system.indexing.ResidueIndex
    • meld.system.mapping
      • meld.system.mapping.NotMapped
      • meld.system.mapping.PeakMapManager
      • meld.system.mapping.PeakMapper
      • meld.system.mapping.PeakMapping
    • meld.system.meld_system
      • meld.system.meld_system.System
    • meld.system.montecarlo
      • meld.system.montecarlo.DoubleTorsionMover
      • meld.system.montecarlo.MonteCarloScheduler
      • meld.system.montecarlo.Mover
      • meld.system.montecarlo.RandomTorsionMover
      • meld.system.montecarlo.TranslationMover
    • meld.system.options
      • meld.system.options.RunOptions
    • meld.system.param_sampling
      • meld.system.param_sampling.ContinuousParameter
      • meld.system.param_sampling.ContinuousPrior
      • meld.system.param_sampling.ContinuousSampler
      • meld.system.param_sampling.DiscreteParameter
      • meld.system.param_sampling.DiscretePrior
      • meld.system.param_sampling.DiscreteSampler
      • meld.system.param_sampling.ExponentialContinuousPrior
      • meld.system.param_sampling.ExponentialDiscretePrior
      • meld.system.param_sampling.Parameter
      • meld.system.param_sampling.ParameterManager
      • meld.system.param_sampling.ParameterState
      • meld.system.param_sampling.Prior
      • meld.system.param_sampling.Sampler
      • meld.system.param_sampling.ScaledExponentialDiscretePrior
      • meld.system.param_sampling.UniformContinuousPrior
      • meld.system.param_sampling.UniformDiscretePrior
    • meld.system.patchers
      • meld.system.patchers.freeze
        • meld.system.patchers.freeze.freeze_atoms
      • meld.system.patchers.potential
        • meld.system.patchers.potential.remove_potential
      • meld.system.patchers.rdc_alignment
        • meld.system.patchers.rdc_alignment.add_rdc_alignment
      • meld.system.patchers.rdc_integrator
        • meld.system.patchers.rdc_integrator.CustomRDCIntegrator
      • meld.system.patchers.spin_label
        • meld.system.patchers.spin_label.add_virtual_spin_label
    • meld.system.pdb_writer
      • meld.system.pdb_writer.PDBWriter
    • meld.system.restraints
      • Restraints
      • Groups
      • Collections
      • Scalers
      • Ramps
      • Positioners
      • Restraint Manager
        • meld.system.restraints.AbsoluteCOMRestraint
        • meld.system.restraints.AlwaysActiveCollection
        • meld.system.restraints.COMRestraint
        • meld.system.restraints.CartesianRestraint
        • meld.system.restraints.ConfinementRestraint
        • meld.system.restraints.DistProfileRestraint
        • meld.system.restraints.DistanceRestraint
        • meld.system.restraints.GMMDistanceRestraint
        • meld.system.restraints.GMMParams
        • meld.system.restraints.HyperbolicDistanceRestraint
        • meld.system.restraints.NonSelectableRestraint
        • meld.system.restraints.RdcRestraint
        • meld.system.restraints.Restraint
        • meld.system.restraints.RestraintGroup
        • meld.system.restraints.RestraintManager
        • meld.system.restraints.SelectableRestraint
        • meld.system.restraints.SelectivelyActiveCollection
        • meld.system.restraints.TorsProfileRestraint
        • meld.system.restraints.TorsionRestraint
        • meld.system.restraints.YZCartesianRestraint
    • meld.system.scalers
      • meld.system.scalers.AlphaMapper
      • meld.system.scalers.ConstantPositioner
      • meld.system.scalers.ConstantRamp
      • meld.system.scalers.ConstantScaler
      • meld.system.scalers.GeometricScaler
      • meld.system.scalers.LinearPositioner
      • meld.system.scalers.LinearRamp
      • meld.system.scalers.LinearScaler
      • meld.system.scalers.NonLinearRamp
      • meld.system.scalers.NonLinearScaler
      • meld.system.scalers.PlateauLinearScaler
      • meld.system.scalers.PlateauNonLinearScaler
      • meld.system.scalers.PlateauSmoothScaler
      • meld.system.scalers.Positioner
      • meld.system.scalers.RestraintScaler
      • meld.system.scalers.ScalerRegistry
      • meld.system.scalers.TimeRamp
      • meld.system.scalers.TimeRampSwitcher
    • meld.system.state
      • meld.system.state.SystemState
    • meld.system.temperature
      • meld.system.temperature.ConstantTemperatureScaler
      • meld.system.temperature.GeometricTemperatureScaler
      • meld.system.temperature.LinearTemperatureScaler
      • meld.system.temperature.REST2Scaler
      • meld.system.temperature.TemperatureScaler
  • meld.remd
    • meld.remd.adaptor
      • meld.remd.adaptor.AdaptationPolicy
      • meld.remd.adaptor.AdaptationRequired
      • meld.remd.adaptor.EqualAcceptanceAdaptor
      • meld.remd.adaptor.NullAdaptor
      • meld.remd.adaptor.SwitchingCompositeAdaptor
    • meld.remd.ladder
      • meld.remd.ladder.NearestNeighborLadder
    • meld.remd.launch
      • meld.remd.launch.launch
      • meld.remd.launch.log_versions
    • meld.remd.leader
      • meld.remd.leader.LeaderReplicaExchangeRunner
    • meld.remd.permute
      • meld.remd.permute.permute_states
    • meld.remd.worker
      • meld.remd.worker.WorkerReplicaExchangeRunner
  • meld.comm
    • meld.comm.HostInfo
    • meld.comm.MPICommunicator
  • meld.parse
    • meld.parse.get_rdc_restraints
    • meld.parse.get_secondary_structure_restraints
    • meld.parse.get_sequence_from_AA1
    • meld.parse.get_sequence_from_AA3
  • meld.vault
    • meld.vault.DataStore
  • meld.util
    • meld.util.in_temp_dir
    • meld.util.log_timing
    • meld.util.strip_unit
    • meld.util.HostNameContextFilter
  • meld.runner
    • meld.runner.get_runner
    • meld.runner.fake_runner
      • meld.runner.fake_runner.FakeSystemRunner
    • meld.runner.openmm_runner
      • meld.runner.openmm_runner.OpenMMRunner
    • meld.runner.transform
      • meld.runner.transform.TransformerBase
      • meld.runner.transform.rest2
        • meld.runner.transform.rest2.REST2Transformer
      • meld.runner.transform.restraints
        • meld.runner.transform.restraints.cartesian
          • meld.runner.transform.restraints.cartesian.CartesianRestraintTransformer
          • meld.runner.transform.restraints.cartesian.YZCartesianTransformer
        • meld.runner.transform.restraints.com
          • meld.runner.transform.restraints.com.AbsoluteCOMRestraintTransformer
          • meld.runner.transform.restraints.com.COMRestraintTransformer
        • meld.runner.transform.restraints.confinement
          • meld.runner.transform.restraints.confinement.ConfinementRestraintTransformer
        • meld.runner.transform.restraints.meld
          • meld.runner.transform.restraints.meld.meld
          • meld.runner.transform.restraints.meld.tracker
        • meld.runner.transform.restraints.rdc
          • meld.runner.transform.restraints.rdc.RDCRestraintTransformer
        • meld.runner.transform.restraints.util
  • meld.interfaces
    • meld.interfaces.ExtraAngleParam
    • meld.interfaces.ExtraBondParam
    • meld.interfaces.ExtraTorsParam
    • meld.interfaces.ICommunicator
    • meld.interfaces.IRunner
    • meld.interfaces.IState
    • meld.interfaces.ISystem
  • meld.helpers
    • meld.helpers.setup_data_store
    • meld.helpers.setup_replica_exchange
    • meld.helpers.REMDInfo
• C++ API Reference